剿匪之事也颇令人头痛。蒙元政权重罚轻教，加上不平等的民族政策和汉军世侯的压榨，北方不少汉民被迫落草为匪。南宋政权法治崩坏，在腐败官员和豪强大族的盘剥下，不少百姓走投无路之下，成为多如牛毛的山匪水贼。蒙元政权退回草原和伯颜的伪政权灭亡的过程中，产生了不少的逃兵溃兵，这些人也盘崌水泊或啸聚山林。除此之外，五斗米教、白莲教的余孽也趁着这混乱时期，以宗教巫术为幌子，自称天命所授，鼓惑裹胁了大批信众，试图割据一方。欧阳轩下令诸军务必要尽快将消灭责任区域的匪患。
在剿匪的措施上，霹雳军采取了政治招抚和军事打击并重的方式。据估计，大江南北共有数千股大大小小的土匪团伙，少者数十余人多者上千人，总人数逾百万人。如此之多的土匪要全部杀掉也不可能，况且他们中多数人手上并没有沾有鲜血。事实上，这些土匪团伙绝大部分是机会主义者，平时务农捕渔，只有商队路过或绝粮时才会下山抢劫。毕竟抢劫也是个**险之事，稍有不慎便会掉脑袋。
按照欧阳轩的要求，各军在使用武力之前，往往会让人给土匪们带话，让他们主动投降并承诺从轻发落。按照剿匪政策，除罪大恶极者都可以活命，并在服完刑期之后分配给土地。这个政策对普通土匪来说极具有诱惑力，比三天饿九顿的土匪日子好的实在太多。霹雳军对匪首或罪大恶极的匪徒开出高额悬赏令，用钞能力对付顽匪。除此之外，霹雳军还出台了将功补过政策，根据土匪功劳的大小，可以免罪甚至直接授以低阶官职。土匪的内部分高低贵践，又没有法制约束，行奉的是武力至上的丛林法则，普通土匪动辄被打骂，被砍被杀也是常有的事，这让盗匪团伙内部存在着不可调和的矛盾。悬赏令和将功补过政策，将会分化瓦解匪众，甚至让其内讧。
在多如牛毛的土匪团伙中，欧阳轩对于打着宗教旗帜的土匪十分警惕，为此他下达了将五斗米教、白莲教的头目和骨干全部就地斩杀的绝杀秘令。话说这些神棍往往披着宗教外衣，以小恩小惠吸引民众，又利用小把戏障眼法欺骗信众，表面上众生平等，实则等级森严。他们打着反贪官污吏旗帜，实在为个人野心。更重要的是，这些神棍十分擅长见风使舵，他们表面悔改实则冥顽不化，一有机会便会再次兴风作浪。这些擅长鼓惑之徒，即便被流放到苦寒的鲜卑利亚和数万里之外的新大陆，也有可能继续兴风作浪，欧阳轩实在放心不下。
神棍之外的土匪，霹雳军高层早已讨论过了他们的去处。轻罪之人将就近服苦役，修建学校、医院等公共设施。苦役刑期结束之后，则会安置到漠南草原、辽东和河西走廊的屯垦点；罪行稍重的，被派往建筑工地，修建道路、桥梁、商贸驿站和军事堡垒。他们服完苦役之后，安置地点则是在西域、漠北草原，虾夷岛和浑同江以北的生女真故地；重罪犯服役地点则是矿洞，服役完后，则就近安置矿山附近的州县。虽然挖矿期间不缺吃喝，也有必要的医疗保障，但长期在黑暗的矿井下高强度劳作，他们服完苦役后健康状况必然不会好，如果将之安置在苦寒之地，只会死在前往目的地的途中。