对于朱载坖的要求，重臣们都是比较支持的，尤其是杨博、霍冀这些曾经担任过边镇总督的大员，他们深知大明粮饷管理的混乱导致边镇粮饷不足给大明带来的隐患了。
朱载坖认为，总督、巡抚作为边镇的大员，有督理粮饷的职责，部分主客兵，以辖区地域为限，负责各自辖区内的官军粮秣军饷，作为督理粮饷的最高长官，负责拟定辖区内官军的粮饷，核实军粮，向朝廷陈奏预算，稽查军储，监察户部派驻的管粮郎中、主事的仓储事宜。
而户部及其派驻的九边的管粮郎中、主事，则是负责军饷粮秣的转运、储存和调拨，按照朱载坖和重臣们商量的意见，朝廷以九边三大防区，即陕西三边、宣大山西、和蓟辽为框架，向这三大防区派驻三名管粮郎中，同时在三大防区建设大型的仓库，用于储存粮秣军器等。
而具体到九边，每一镇都会派遣一位管粮主事，他们负责管理本镇的粮储仓库，朝廷向边镇拨发的各种物资，从户部向管粮郎中，然后再到管粮主事的三级仓储体系，即朝廷——九边三大防区——九边各镇的军饷粮秣转运体系，不管主兵还是客兵，以地域作为粮饷拨发的依据。
同时原来的兵备道等官员就不再有管理粮饷的职权了，兵备道的职权是和巡按御史、清军御史一道，稽核士卒、战马数量，监督粮饷发放。
同时对于户部派驻的督粮郎中、主事，总督有弹劾之权，御史有巡察之责，这样一来，大家的责任也就很明确了，仓储不足或者被贪墨，就是管粮郎中、主事的责任，士卒虚籍，就是兵备的责任，而总督总览战局，作为方面之臣，对上，负责制定预算，对下负责监督总兵、管粮郎中，当然也要接受巡按御史和提督的制衡。
而管粮郎中，负责按照朝廷批准的军饷粮秣数量，接收物资，并且存储发放，对于物资的损耗，不管是漂没、还是贪墨，管粮郎中、主事都负有责任。
而巡抚作为地方官，负责协助转运、催督粮秣，守卫地方，是守土之臣。具体经办的则是有布政司下面的督粮参政，负责协助转运粮饷。
户部则负责将粮秣转运到三大防区指定的仓储地方就行了，这样一来九边有关于粮饷的权责就是明晰的了，出了什么问题，该向谁追究责任，都很清楚。
当然在中央也是如此，所有有关粮饷的支出都要由户部负责，太仓作为大明的国库，地位不能动摇，借此机会，朱载坖准备将原来太仆寺的银库和工部节慎库都并入户部太仓，这样就在中央财政实行了统一。
日后不论是地方州县向朝廷缴纳什么名目的银子，都是交到户部，朝廷的支出也是由太仓支出，避免了原来的各部院自收自支的情况。
到九边就更是如此了，兵部会同九边督抚、兵备、清军御史，统计九边士卒粮秣之后，由户部拨给，军功赏赐也是如此。
边墙的修建，也是有九边督抚会同提督、总兵拟定计划之后，兵部批准，工部核算开支，再由户部拨出银两，避免了原来户部到处挪借，各部之间扯皮的这种事情。
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